На состояние слизистой влияют: 
инфекции; 
чрезмерно сухой и запыленный воздух; 
вредные привычки; 
аллергические проявления; 
нарушение моторики ЖКТ; 
вазомоторный ринит; 
патологический храп; 
воспалительные процессы в придаточных пазухах; 
эндокринные и аутоиммунные болезни; 
дегенеративно-дистрофические изменения в шейном отделе позвоночника. 

Днем восприятие слабых болевых сигналов нервной системой притупляется, улучшается увлажнение слизистой за счет воздействия слюны, а также питья жидкости и проглатывания пищи. Прекращается застой в носоглотке стекающей из придаточных пазух слизи, которая ночью раздражала горло. В вертикальном положении уменьшается или снимается заложенность носа, восстанавливается носовое дыхание. Пациент чувствует облегчение вплоть до полного исчезновения симптомов. 

Распространенная причина болезненных ощущений в горле — проникновение инфекции. 
Пути ее проникновения: 
воздушно-капельный; контактный (через предметы обихода и соприкосновения с зараженными людьми); 
орально-генитальный, вертикальный (для ВПЧ); 
лимфогенная и гематогенная диссеминация; 
затекание инфицированной слизи из придаточных пазух. 

Инфекционные агенты: бактерии, грибы, простейшие и вирусы. 

Вирусные инфекции 

Поражение клеток мерцательного эпителия носоглотки и гортани вызывают: 
Вирусы парагриппа и ОРВИ (аденовирусы, риновирусы, респираторно-синцитиальные вирусы). Насморк, кашель, чиханье, цефалгия, субфебрилитет. 
Болезнь протекает 7-10 дней. 

Вирусы Коксаки (энтеровирусы). 
Температура повышается до +39… +40 °С, развиваются головная боль, слабость, тошнота, понос, высыпания. Глотание затруднено из-за поражения слизистой горла. Симптомы проходят через 7-14 дней. 

Вирусы гриппа. 
Выраженная сухость в носоглотке и гортани, особенно по утрам. Кашель без мокроты, чувство усталости, разбитости, ломота в теле, высокая температура. Спустя 3-5 дней наступает выздоровление. 

Вирус Эпштейна-Барр. 
Слабость, болезненность в мышцах, мигрень, катаральные явления в верхних и нижних дыхательных путях, гипертермия. Лимфаденопатия, затрудняющая глотание. Заболевание продолжается до 60 дней. Пациент остается вирусоносителем пожизненно. Папилломавирусы человека. Течение болезни бессимптомное, при активации вируса происходит его размножение.

В носоглотке и гортани появляются бородавчатые образования, вызывающие хронический кашель, осиплость и дискомфорт. Со временем возможна злокачественная трансформация. Хронические бактериальные или грибковые инфекции 

Причины воспаления верхних дыхательных путей: простейшие (трихомонады), внутриклеточные и мембранные паразиты (хламидии, уреаплазмы, микоплазмы), грибки (кандида), бактерии (золотистый стафилококк, гемолитические стрептококки). Формы болезни: фарингит, тонзиллит и ларингит. 

Источник: http://viplor.ru/gorlo/po-utram-bolit 

Источник: ( https://gb3str.ru/simptomy/po-utram-bolit-gorlo-potom-prohodit-prichiny-i-lechenie.html )